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shRNA設(shè)計(jì)（shRNA設(shè)計(jì)原則）

發(fā)布時(shí)間：2023-04-06 21:55:45 稿源：創(chuàng)意嶺閱讀： 62

大家好！今天讓創(chuàng)意嶺的小編來(lái)大家介紹下關(guān)于shRNA設(shè)計(jì)的問(wèn)題，以下是小編對(duì)此問(wèn)題的歸納整理，讓我們一起來(lái)看看吧。

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本文目錄:

1、求助：shRNA設(shè)計(jì)的步驟及軟件
2、如何設(shè)計(jì)連接到質(zhì)粒載體上的shRNA序列，查的文獻(xiàn)序列看不明白
3、shrna敲低原理
4、篩選的sirna可以直接用于設(shè)計(jì)shrna嗎

shRNA設(shè)計(jì)（shRNA設(shè)計(jì)原則）

一、求助：shRNA設(shè)計(jì)的步驟及軟件

軟件很多，網(wǎng)上一搜便知，至于Blast，可以將你設(shè)計(jì)的靶點(diǎn)直接輸入進(jìn)行Blast，同源性越低越好

二、如何設(shè)計(jì)連接到質(zhì)粒載體上的shRNA序列，查的文獻(xiàn)序列看不明白

應(yīng)該不是輸入錯(cuò)誤。GATCC是故意設(shè)計(jì)的，這樣正確連接上shRNA的質(zhì)粒就不會(huì)被BalII切斷，可以以此來(lái)驗(yàn)證shRNA有沒(méi)有被連接上（自連的質(zhì)粒會(huì)被BglII切斷成linear的通過(guò)跑膠就能看出區(qū)別

三、shrna敲低原理

siRNA序列是與mRNA目的序列完全互補(bǔ)結(jié)合的，所以是降解；當(dāng)不完全互補(bǔ)時(shí)才是抑制翻譯，miRNA大部分是這樣的。

從而在1oxP 動(dòng)物的一定發(fā)育階段和一定組織細(xì)胞中實(shí)現(xiàn)對(duì)特定基因進(jìn)行遺傳修飾之目的的基因敲除技術(shù)。

人們可以通過(guò)對(duì)誘導(dǎo)劑給予時(shí)間的預(yù)先設(shè)計(jì)的方式來(lái)對(duì)動(dòng)物基因突變的時(shí)空特異性進(jìn)行人為控制、以避免出現(xiàn)死胎或動(dòng)物出生后不久即死亡的現(xiàn)象。常見(jiàn)的幾種誘導(dǎo)性類(lèi)型如下：四環(huán)素誘導(dǎo)型；干擾素誘導(dǎo)型；激素誘導(dǎo)型；腺病毒介導(dǎo)型。

shRNA設(shè)計(jì)（shRNA設(shè)計(jì)原則）

原理方法：

1、利用基因同源重組進(jìn)行基因敲除基因敲除是80年代后半期應(yīng)用DNA同源重組原理發(fā)展起來(lái)的。80年代初，胚胎干細(xì)胞（ES細(xì)胞）分離和體外培養(yǎng)的成功奠定了基因敲除的技術(shù)基礎(chǔ)。

1985年，首次證實(shí)的哺乳動(dòng)物細(xì)胞中同源重組的存在奠定了基因敲除的理論基礎(chǔ)。到1987年，Thompsson首次建立了完整的ES細(xì)胞基因敲除的小鼠模型。直到現(xiàn)在，運(yùn)用基因同源重組進(jìn)行基因敲除依然是構(gòu)建基因敲除動(dòng)物模型中最普遍的使用方法。

2、誘導(dǎo)性基因敲除也是以Cre/loxp 系統(tǒng)為基礎(chǔ)，但卻是利用控制Cre 表達(dá)的啟動(dòng)子的活性或所表達(dá)的Cre 酶活性具有可誘導(dǎo)的特點(diǎn)，通過(guò)對(duì)誘導(dǎo)劑給予時(shí)間的控制或利用Cre 基因定位表達(dá)系統(tǒng)中載體的宿主細(xì)胞特異性和將該表達(dá)系統(tǒng)轉(zhuǎn)移到動(dòng)物體內(nèi)的過(guò)程在時(shí)間上的可控性。

四、篩選的sirna可以直接用于設(shè)計(jì)shrna嗎

siRNA 基因沉默子進(jìn)入培養(yǎng)細(xì)胞，可快速有效地短暫地降低靶基因的表達(dá)。使用嘌呤酶素選擇 shRNA 或 shRNA 慢病毒顆粒是一種達(dá)到穩(wěn)定基因沉默的方法。因此，如果一個(gè)靶基因的蛋白轉(zhuǎn)換較慢，shRNA 質(zhì)?；?shRNA 慢病毒顆粒應(yīng)該是達(dá)到同樣效果的理想...

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